国家应用数学中心是进一步贯彻落实国家《关于全面加强基础科学研究的若干意见》（国发〔2018〕4号）和《关于加强数学科学研究工作方案》（国科办基〔2019〕61号）文件精神，由科技部批准设立的国家级科研平台。
吉林应用数学中心成立于2019年9月29日，由吉林大学牵头，联合东北师范大学和吉林省计算中心等单位共同建设，是首批获得支持建设的13个国家应用数学中心之一。这也是继国家天元数学东北中心之后，依托我校建设的第二个国家级数学中心。
中心围绕国家加强数学研究的发展战略，强强联合，建立开放融合机制，用数学思想、数学方法、数学发现、数学规律引导创新实践，聚焦数字吉林、新能源汽车、生物医药、卫星数据应用等领域，重点开展民用航空轮胎的数学建模与算法、传染病与动物疫病的建模与分析、主要农作物人工智能育种、遥感数据的处理与产业应用、大气污染预警等关键问题的研究。中心将继续围绕国家重大需求，凝炼数学问题，加强科技攻关和引领性原创成果重大突破，以高水平数学研究支撑创新型国家建设和世界科技强国建设。为新时代吉林全面振兴、全方位振兴贡献智慧和力量。
吉林应用数学中心自筹建以来，吉林大学始终积极支持中心开展各项工作，在政策制定、运行经费、工作条件等方面全力提供保障，努力把中心建成高水平应用数学和数学应用研究、数学人才培养、应用技术交流的重要基地。